Усвајањем закона о систему индиректног опорезивања 29.12.2003. године Парламент Босне и Херцеговине створио је правни основ за успостављање Управе за индиректно опорезивање.
Током 2004. године извршено је спајање бивших царинских управа ентитета и Дистрикта Брчко. Упоредо с процесом реорганизације царинске службе, основан је Сектор за порезе, први пут на државном нивоу, који је имао задатак развити и спровести јединствени систем пореза на додату вриједност.
2004. годину обиљежило је спајање царинских администрација и пренос овлшћења, те је законска рагулатива у надлежности Управе за индиректно опорезивање.

Законски и подзаконски акти (Управа за индиректно опорезиванје)